據古代典籍記載，唐玄宗登基那年，鐘馗赴長安應試，被主考官譽稱“奇才”，取為貢士之首�？墒堑钤嚂r，奸相盧杞竟以貌取人，迭進讒言，從而使其狀元落選。
　　鐘馗一怒之下，頭撞殿柱而死，震動朝野。玄宗下昭封鐘馗為“驅魔大神”，遍行天下“斬妖驅邪”。玉帝感念鐘馗為爭公道，不惜以身殉道，因此封神，令鐘馗專管凡塵不平事，為人間降妖除魔。于是鐘馗帶領他的結義兄弟柳含煙、王富曲開始了他們驚心動魄、可歌可泣的伸張正義之行。
《天師鐘馗》共分六個單元，分別是《漂亮之罪》、《慧劍問情》、《青蛇有淚》、《血色鴛鴦》、《人魚癡戀》和《鐘馗嫁妹》�！镜谝粏卧�:漂亮之罪】
　　漂亮有罪么，有誰理解漂亮的霍思燕與馮紹峰苦？
　　【單元新解：昔日比干挖心之后，那顆屬于忠臣的七竅玲瓏心再也無人聞問，忠臣寧死不屈，忠臣之心又豈能甘心含冤未雪？妲己曾經以漂亮做為武器，迷惑紂王，令天下蒼生受苦受難。倘若漂亮成為禍端，又將如何終結？】
　　當年妲己迷惑紂王，佯稱心痛，必須服食忠臣之心，以致比干挖心獻主、含冤而死。那顆忠臣之心冤氣太重，經過百年已然修練成精，變成心魔，一心要找轉世妲己報仇。城中良家女子蘇美娘擁有酷似妲己的驚人美貌，卻溫柔善良，她新婚不久，一家人和樂融融。心魔嫉恨蘇美娘的漂亮和幸福，于是邪惡地控制了她的婆婆和丈夫，讓她受盡虐待，生不如死。
　　鐘馗百般阻止，認為善惡本是一念之間，假如因為仇恨而自甘墮落，忠臣之心變成邪惡之心，豈不枉費比干刨心盡忠之舉？心魔不肯善罷干休，鐘馗只好替天行道，展開一場正邪之戰。
　　心魔利用凡人的邪念，附身人體，而鐘馗的降魔劍一旦殺了凡人，就會觸犯天條，心魔深知鐘馗弱點，令鐘馗投鼠忌器，無法痛下殺手，迫于無奈，鐘馗只好請比干下凡，感化心魔。比干動之以情、曉以大義，告訴心魔，妲己因為禍國殃民，已受永世不得為人的懲罰，蘇美娘雖有妲己的美貌，卻與妲己沒有任何關系，望心魔懸崖勒馬，不要傷害無辜。豈料心魔已然走火入魔，認定蘇美娘必須替妲己償還罪孽。
　　鐘馗堅持蘇美娘心性善良，并沒有利用美貌為惡，漂亮本無罪，錯的是利用漂亮包藏邪惡之心。但鐘馗雖有除魔之心，可惜心魔始終附身人體，鐘馗猶豫不決，蘇美娘為了消滅心魔，保護家人，毅然自毀容顏，并以自己的身體封住心魔，甘愿用鐘馗的“降魔劍”自殺。最后，蘇美娘的大愛大義讓天地為之感動，而慈母的眼淚終使蘇美娘復活。
　　【第二單元:青蛇有淚】
　　不是無淚，只是未嘗愛的滋味袁文康與曾寶儀
　　【單元新解：白蛇傳中關于白素貞與許仙的結局，交代得非常清楚，但對于青蛇的何去何從，卻一直是所有人心中的謎，本單元則以揭密青蛇歸處做為主題�！�
　　白蛇怨恨法海破壞她與許仙的姻緣，憤而與青蛇連手水淹金山寺，豈料反遭法海所害，被困雷峰塔下，青蛇負傷而逃。鐘馗本欲收伏青蛇為民除害，觀世音菩薩認為青蛇并非蓄意危害人間，大發慈悲，希望青蛇虔誠修練、早成正果。
　　青蛇修練百年，仍難消心頭之恨，決心找法海報仇，卻被千年蜈蚣精玄塵道長利用，錯認文弱書生孟文軒和將軍之子許天德是轉世法海和許仙，報仇心切的青蛇一錯再錯。
　　鐘馗意外與文軒成為好友，發現青蛇對文軒苦苦糾纏，擔心青蛇重蹈白蛇覆轍，苦口婆心地勸解，沒想到青蛇情根深種、不肯回頭，甚至因愛生恨，在玄塵的煽動之下，連手迫害文軒與靈玉。既然青蛇毫無悔意，有負觀世音菩薩的善心，鐘馗果斷決定出手收妖。
　　鐘馗三人為了伸張人間正義，不惜與青蛇、玄塵展開驚天動地的斗法，無奈力不從心，只好求助已經修煉成仙的白蛇，希望白蛇能以昔日姊妹情感化青蛇，讓青蛇迷途知返。豈料，白蛇不但徒勞無功，還差點命喪玄塵之手。原來當年白蛇、青蛇水漫金山，讓無辜百姓受難之外，也害死玄塵很多徒子徒孫，這一切都是玄塵為引出白蛇、青蛇的報復陰謀。幸好，青蛇最終明白人間情愛真諦，盡棄前嫌，舍身救人，觀世音菩薩以凈瓶水救活青蛇，并與白蛇一起位列仙班、再續前緣。
　　【第三單元:慧劍問情】
　　劉一含　莫問愛，莫問情，過去不再尋
　　【單元新解：天上歲月冷清清，只羨鴛鴦不羨仙，呂洞賓一向貪戀人間情愛，為了一續前緣，再入紅塵，鐘馗劍斬妖魔，面對神仙又當如何？倘若徇私包庇，如同官官相護，應當付出何種代價？】
　　昔日呂洞賓斬殺黃龍道人，慧劍斬情絲，揮別白牡丹，悵然返回天界，卻沒發現黃龍弟子狼妖在旁窺視，發誓要為師報仇。百年后狼妖肆虐，攻擊婦女，殘害鄉民，鐘馗三人決定為民除害，追捕狼妖。
　　狼妖陰險突襲，搶走含煙，鐘馗的降魔劍正要發威，狼妖拿含煙當作武器反抗，鐘馗險些誤殺含煙，狼妖逃逸。
　　向來風流倜儻的呂洞賓，只要憶及昔日與白牡丹的一段未了情緣，便郁郁寡歡。江湖女子公孫靜刺殺奸臣未果，遭到追殺。鐘馗眼見忠良受害，出手相救。公孫靜希望鐘馗共襄盛舉，鐘馗雖感佩公孫靜愛國愛民之心不讓須眉，但礙于職責所在，不能為所欲為，只能以除妖降魔為己任。
　　呂洞賓翻閱姻緣簿，愕然發現白牡丹已轉世為公孫靜，再次心動不已，趁著群仙拜壽之時，私下凡間，以俠客姿態現身相助公孫靜，公孫靜被呂洞賓的俠骨柔情所打動，兩人結為夫妻。
　　狼妖故意將鐘馗引來，逼迫呂洞賓現形，并趁呂洞賓不備，擄走公孫靜，呂洞賓只得求助鐘馗，請他暫時包庇，等救回公孫靜之后再甘心受罰，鐘馗被呂洞賓的真情感動，決定代為隱瞞。狼妖痛斥鐘馗官官相護、徇私包庇，雙方大打出手，鐘馗一時不察，誤殺被狼妖附身的凡人。狼妖終被收服，但呂洞賓嚴重觸犯天條，不得不返回天庭受罰，與公孫靜夫妻訣別，從此天人兩隔。而鐘馗包庇呂洞賓在先，枉殺凡人在后，被貶為凡人，鐘馗甘心領罪，下凡歷劫，三兄弟黯然分別。
　　【第四單元:血色鴛鴦】
　　張嘉倪　愛過方知情重，一切只因有愛
　　【單元新解：鐘馗被貶為凡人，必須嘗盡人間苦難，遇上黑山老妖，勢必顛倒異位，昔日除魔天師，如今成為妖魔眼中的獵物。有如皇上微服私訪，體驗民間疾苦，對于日后重掌權力，是否更能兼顧情理法？】
　　當年燕赤霞為拯救聶小倩的魂魄，重創“千年樹妖”黑山老妖。蟄伏百年之后，黑山老妖決定報仇雪恨。青年周馥生為人正直善良，以雕刻為生，手藝高超，他和富家千金林小蝶結緣于鴛鴦木偶。林小蝶被周馥生貧賤不能移、威武不能屈的大丈夫氣概所傾倒，身份懸殊的兩人卻愛得真摯而熱烈，因林父的攀附權貴，周馥生受盡迫害，卻仍然無怨無悔，為愛不惜付出生命。柳含煙、王富曲到人間尋找被貶為凡人的鐘馗，結識了周馥生，被他的癡情所感動，想方設法成全他和林小蝶。
　　黑山老妖為提升功力要吸食陰陽交合的魂魄，逼迫手下女妖秋艷以聶小倩的畫像勾引男子，豈料周馥生不為所動，他的君子之風讓秋艷心動，她雖是異類，對這樣的男人也垂愛不已，但周馥生心中只有林小蝶，決然拒絕了她。秋艷傷心欲絕，因愛生恨，向黑山老妖誣稱周馥生就是燕赤霞轉世。黑山老妖使用妖術讓林小蝶神昏志迷，把自己當作聶小倩，并把周馥生引入黑山老妖的圈套，柳含煙、王富曲趕來大戰黑山老妖。鏖戰中，周馥生喚醒前世記憶，現出鐘馗真身，黑山老妖大驚，負隅頑抗，觀世音出現助鐘馗一臂之力，黑山老妖終于亡命“降魔劍”。
　　觀世音賀喜鐘馗恢復“驅魔大神”之位，但鐘馗黯然神傷，因為他已允諾，只要能救林小蝶，寧可犧牲自己的愛情。痛苦的林小蝶只能眼睜睜望著鐘馗離去，鐘馗要她好好活著。祥云如翼，鐘馗帶著對人世間，對林小蝶的無限眷戀冉冉升空。
　　【第五單元:人魚癡戀】
　　愛是付出，平凡相守才是真
　　【單元新解：昔日魚美人曉蓮認為愛是付出，不是占有，為了成全張真和牡丹，甘心受苦，愛的奉獻雖然傳頌千古，卻始終令人感到遺憾，倘若曉蓮再有一次選擇的機會，能不能用無怨無悔換來真心相愛？】
　　昔日鯉魚精曉蓮貪戀人間情愛，觸犯天條，被罰幽禁龍宮，苦嘗百年孤寂。龍王五太子龍劍對曉蓮一往情深，向龍王求情，讓曉蓮重獲自由。何敏為替冥河姥姥報仇，設下陷阱要讓龍劍和曉蓮作繭自縛。何敏為引來鐘馗，故意殘殺凡人，鐘馗誤以為是龍王包庇龍劍，大鬧龍宮。
　　曉蓮在何敏誘導下找到張真的轉世趙正峰，重蹈覆轍愛上凡人，堅持要與趙正峰一續前緣。龍劍不甘心機白費，提出協議，倘若趙正峰也對曉蓮一心一意，龍劍就自動放棄，否則曉蓮必須嫁給龍劍。
　　鐘馗嘗過人間情愛之苦，理解曉蓮的心意，尤其發現曉蓮為了救活趙正峰，不惜獻出內丹，變成半人半妖，更加感動。曉蓮被村民當成妖怪，要放火燒死她，鐘馗不顧天條規定，怒而插手人間事，救下曉蓮并有心成全她的一片苦心。
　　龍劍為達目的，私闖月老仙洞，將姻緣紅線綁在趙正峰和他的師妹金翠萍身上，趙正峰忽然改變，要和金翠萍成親，曉蓮傷心欲絕。龍劍趁機要求曉蓮實現諾言，曉蓮寧可永受幽禁，也不愿嫁給龍劍，龍劍大怒，欲逼迫曉蓮就范。鐘馗替曉蓮打抱不平，查明真相，剪斷錯綁的紅線，趙正峰如夢初醒，有感于曉蓮對他情深意重，無論曉蓮是人是妖，他都愿意和曉蓮結為夫妻。鐘馗為讓有情人終成眷屬，阻止龍劍破壞，雙方大打出手。龍劍被何敏利用，執迷不悟，差點闖下大禍，幸好鐘馗及時揭穿何敏的陰謀，將她收伏。
　　曉蓮和龍劍都是為愛觸犯天條，雖然其情可憫，卻也難逃制裁，觀世音罰龍劍幽禁龍宮，至于曉蓮塵緣未了，真情感人，讓她自己做出選擇。曉蓮毅然拔去仙胎鱗片，從此與趙正峰做一對平凡夫妻。鐘馗功德圓滿，笑嘆真愛無敵。
　　【第六單元:鐘馗嫁妹】
　　今生未酬寄來生，情義長存愛永駐鐘馗嫁妹
　　【單元新解：鐘馗曾以死抗爭，死得豪邁，卻從未體會生的悲傷，沒想到有一天，他竟然也會有壯志未酬身先死的遺憾。面對孤苦無依的妹妹，他想要補償她一生的寵愛和幸福。但自古情義兩難全，他該如何抉擇，才能無愧于心？】
　　山姝原是終南山千年山怪，盤踞在南山鎮，凡是單身路過的年輕男子無一不在她的誘惑下喪命，山姝手段毒辣，每次發生命案都會有一個無辜女子成為替死鬼。南山鎮縣官王靖“斷案如神”，因此官運亨通。
　　觀世音覺得南山鎮妖氣甚重，令鐘馗前往除妖。鐘馗回到終南山，得知他的同村知友杜平冒死為他立碑，險遭朝廷治罪，很是感激杜平的深情厚誼。鐘馗的妹妹鐘藜和哥哥長得截然不同，天生麗質，是南山鎮第一美人，自然成了達官貴人夢寐以求的對象，王靖對鐘藜志在必得。鐘藜卻自小喜歡與其兄為友的杜平，但自感貧寒的家境與杜平門不當戶不對，一直把愛深藏心底，自從哥哥冤死，杜平對哥哥的情義讓她感動，她決心要不顧一切嫁給杜平。鐘馗知道杜平也愛慕鐘藜，有意成全兩人婚事酬恩。
　　鐘馗幾經回合查出真相，抓獲山姝，但為了救一民女，沒將山姝劫滅，山姝得以逃脫。懷恨在心的山姝決意報復鐘馗，而王靖也害怕鐘馗查案會讓他身敗名裂，于是，一顆邪惡的心和一個蝎毒的山怪狼狽為奸，與鐘馗作對。杜平和鐘藜原本一段美好的愛情佳話也因山姝的瘋狂報復和王靖的強勢奪愛而演繹成驚心動魄的悲喜劇。
　　觀世音誤以為鐘馗“徇情枉法”，一度錯怪鐘馗。最終，鐘馗戴罪立功，除滅山姝，將草菅人命的王靖繩之以法，以實際行動證實了自己，并將妹妹鐘藜送到杜家，與杜平喜結良緣。