神秘的電子郵件，是黑客入侵?是恐嚇勒索?還是病毒?可怕的放射物質外泄，是恐怖事件?還是意外事故?……大案重案，一案接一案，案情撲朔迷離，危機四伏!公安刑警楊震(丁志成飾)打入犯罪集團做臥底，突然面臨被識破的危險，季潔(王茜飾)、鄭一民(張潮飾)率重案六組刑警緊急前往解救……面對一系列高科技犯罪案，重案六組全力追查，真相一步步浮出水面。經歷生死的考驗，常保樂（侶蕭飾）與各辦案人員的情誼更加深厚，季潔對楊震日漸生情，丁箭（王挺飾）開始暗戀田蕊（孫菲菲飾）……第二部堅持一集兩個故事的原則，風格依然會延續第一部緊張激烈、懸念迭生的特點。打造超越版據導演徐慶東介紹，之所以把這部片子稱為《重案六組》第二部，而不是稱其為續集，就是為了要超越第一部。在保持第一部寫實風格的同時，劇組人員把《重案六組》第二部作為第一部的超越版來拍攝。徐慶東認為，《重案六組》第一部之所以取得了良好成績，警察說“像”，老百姓說“好”，專家挑不出大毛病，主要是因為它拍得真實。第二部要想做得更出色，仍然要堅持真實感，反對矯揉造作，反對矯情，反對想當然。新案例，新感覺《重案六組》第一部的劇本創作，30集僅用兩個月完成，然而續集的劇本則足足寫了半年。徐慶東介紹說，每集的編劇用嘔心瀝血來形容，一點不夸張。一集記錄兩個案子，情節基本取材于新近發生的案例，更追求典型性、新聞性和時效性，以便貼近觀眾的現實生活。在第二部里面，觀眾可以看到，無論是從畫面上還是從細節的處理上，都明顯好于第一部。題材上也有大幅度的創新，出現了大量的高智商犯罪、高智商偵破的案例使整個劇情突出了一種現代氣息，從而也更能俘獲觀眾的心。