時值大正十二年，東京的夜晚，那些將會出現。

他們是潛藏在黑暗中，啜飲人類鮮血的吸血鬼，在更久遠的時代就隱身居住在這個世界。

陸軍內部創設了第十六特務隊來管理他們，通稱「零機關」。　

這個部隊是中島中將為了對抗近代化列強諸國的情報戰而創設，但眼下零機關的任務，是對應暗藏在東京的吸血鬼事件。

被分配到此項工作的是──最強人類的前田義信大佐，國內等級最高的吸血鬼且機關新人栗棲秀太郎，智力是規格外的山上德一，從江戶時代就存在至今的須和，喜愛未衰老大腦的瘋狂科學家竹內......