《E5系隼鳥》、《N700A希望號》等真實存在的新干線變形的機器人“新干線”的駕駛員的孩子們，與大人們協力對抗敵人的模樣，是電視動畫《新干線變形機器人新干線》的劇場版。

新一代新干線開發的試驗車“ALFA-X”作為新干線登場，描繪了和新的駕駛員一起戰斗的模樣。

哈恩的父親再次向哈恩發起了攻擊。

在無法掩飾不安的隼人面前，超越時空出現了9歲的圣人。

穿越過來的少年霍克特為了保護地球，回到原來的時間，決定成為集結最新技術完成的“辛卡里昂ALFA-X”的駕駛員。