為了救神谷薰，緋村劍心縱身躍入大海，昏迷中他飄到某座小島，最終為傳授了他飛天御劍流的師父比古清十郎所救。

深感到自身與志志雄真實的巨大差距，為了拯救全日本，劍心懇請師傅傳授他飛天御劍流的最高奧義。

與此同時，志志雄劍指東京，邁出武力奪國的下一步。

他強迫伊藤博文對劊子手拔刀齋發布全國通緝令，得知消息的薰、左之助則匆匆向東京趕去。

再度上路的劍心率先遭到御庭番眾的首領四乃森蒼紫的阻擊，他一路披荊斬棘，將迎來與宿命的對手志志雄最終的對決……