進入了明治時代，曾經的“劊子手拔刀齋”緋村劍心已經習慣了神谷道場的安寧生活。

誰知就在這一天，倒幕戰爭時的舊友——號稱維新三杰之一的大久保利通將其請去。

原來繼承了劍心劊子手身份的志志雄真實當年被新政府背叛，僥幸活下來的志志雄正秘密籌措稱霸日本的可怕計劃。

大久保死后，深感背負不可推卸責任的劍心只身上路，在途中不僅偶遇京都女忍卷町操，還在新月村和志志雄有了第一次的遭遇。

與此同時，相樂左之助、神谷薫、明神彌彥、齋藤一也相繼趕往京都。

陰云密布的時代，醞釀著一場席卷全國的風暴……