清康熙年間，忠臣何大人被將軍紀獻唐陷害，全家抄斬，只有其妻及女玉鳳（黃杏秀）逃脫。

玉鳳為救其父，勇闖法場，連殺十三刀斧手，但終不敵受傷，被九難師太（李琳琳）救走。

玉鳳因此而得名“十三妹”。

另一忠臣安大人也遭抄家之禍，只有其子安驥（湯鎮業）逃出生天。

安驥與玉鳳自小青梅竹馬，二人于是結伴逃亡。

眾人路上巧遇逃婚之玉格格，九難師太洞悉格格乃康熙之胞妹，欲藉此行刺康熙。

玉格格（翁美玲）不懂世情，不知身份已被悉穿，反而愛上女扮男裝之玉鳳，弄得一場笑話。

及后名醫李妙生（任達華）之出現，玉格格才將愛意轉于妙生身上。

紀獻唐之女紫薇受父命混入玉鳳等人當中作臥底，但紫薇卻與安驥日久生情，因而發生一段三角戀愛。

此時，康熙南下出巡，九難師太部署一切準備行刺康熙。

紀獻唐亦安排天羅地網，欲乘機把玉鳳等人一網成擒。

一場龍爭虎斗也因此而展開。