在《螞蟻男孩》的故事中，主角佩爾是一個只有12歲的少年。而12歲的年紀總容易沉迷于幻想的世界里，佩爾也不例外。但小個子的他在學校總不那么顯眼，為此他十分沮喪。
　　一次，佩爾無意中被螞蟻咬了之后，竟然獲得了超級力量。在漫畫書呆子威廉的幫助下，佩爾創造了一個螞蟻男孩的超級英雄秘密身份。當一個超級惡棍跳蚤出現時，螞蟻男孩必須面對巨大的挑戰……