掌控日本國家未來的御前會議上，眾要員商議著以獵殺SPEC持有者為目標的“SIMPLE PLAN”，神秘的法蒂瑪第三預言亦被提及。

數天后，暗中執行獵殺計劃的政府成員突然于游艇上全員木乃伊化死亡。

案件交由未詳系的當麻紗綾和瀨文焚流負責。

調查途中兩人接到志村美玲的求救電話，趕赴救援時與瀨文的前同僚兼前戀人青池里子不期而遇。

當麻將美玲帶回未詳系，原本已經死去的陽太/一十一竟從容現身于她們面前。

竭力壓制著蠢蠢欲動的左手，當麻無力的目睹美玲匆忙留下“一定要阻止法蒂瑪第三預言”的信息后被陽太帶走。

在陽太的惡意煽動下，普通人類與SPEC持有者間的矛盾日益激化。

身處兩者夾縫之中，當麻對法蒂瑪第三預言和人類未來的走向充滿了迷惑。

瑪利亞、白衣教皇、左手持火之劍的天使……

預言中的關鍵人物們若隱若現，黑暗降臨的未來是否終將無法避免？