電影敘述，未來世界因為核戰污染，導致人類出現了基因突變的變種人。同時地球也因為污染過度，造成許多怪獸橫行肆虐。于是保衛地球免于怪獸蹂躪的辦法，就是讓變種人組成的地球防衛軍，出馬對抗怪獸。然后在一個風和日麗的日子，天空出現了巨大的不明飛行物體，原來是「X星人」。他們帶來征服怪物的法寶，卻把人類逐一洗腦。唯一不被他們洗腦的就只有「哥斯拉」，變成怪物大戰外星人。