日本戰國時期,分屬不同大名的忍者集團也在暗處進行著角力。
在一個月朗星稀的夜晚,伊賀忍者耶麻汰、陣內、老鼠等人執行刺探任務時意外與對手相碰,期間天空中忽然飄過一個巨大的火球,令眾人頗感意外。
耶麻汰等回到村中后,在首領的指示下又去森林中探查火球的真相。
途中他們邂逅同屬一派的凜林及其同伴,眾人結伴同行。
結果在密林中,伊賀忍者們遭到不明生物的襲擊。
對方敏捷迅速,殺傷力巨大,忍者們接二連三遇害。
耶麻汰、陣內、凜林等人雖僥幸逃出,殊不知來自外星的異型正大肆繁衍。
一時間,伊賀村落慘遭荼毒,耶麻汰等也面臨前所未有的挑戰……