名偵探柯南真人版再次復活！不過這次上場的是變身為柯南前三個月的工藤新一的故事。愛好推理的高中生工藤新一和其青梅竹馬毛利蘭一直過著緊張又不失甜蜜的生活。這天，新一卻收到了疑似來自他的粉絲的挑戰書，這個挑戰書的背后是多個案件組成的連環推理，一環套一環，如同闖關游戲。新一、小蘭、小蘭的爸爸毛利小五郎在一個密閉的房間里蘇醒，等待他們的將是烏云密布的案件和處處有危機的現場。新一能否攻克重重障礙，最終走到答案揭曉的時刻呢？